Główną rzeką Turystycznej Podkowy jest Raba, w której dorzeczu znajduje się znakomita większość tego obszaru. Jedynie Sieprawka z dopływami stanowi część systemu rzecznego Głogoczówki i Skawinki, odprowadzającego wody ze znacznej części Pogórza Wielickiego.

 Najważniejsze dopływy Raby to: Kasinczanka z Węglówką, Suszanka, Krzywiczanka, Krzyworzeka i Stradomka (prawobrzeżne) oraz Krzczonówka, Kaczanka, Trzebunka i Młynówka (lewobrzeżne). Są totypowe rzeki górskie, cechujące się dużą nieregularnością przepływów w ciągu roku. Podczas powodzi, w okresie długotrwałych lub nawalnych deszczów mogą one nieść kilkaset razy więcej wody niż w okresie posuchy. Dla górskiego odcinka Raby wezbrania mogą mieć amplitudę 4 – 6 metrów. Podczas powodzi w 1997 na wodowskazie w Stróży zanotowano przepływ 500 m3/s, a w czasie powodzi stulecia w 1934 rzeką tą płynęło w ciągu sekundy ok. 800 ton wody. Przepływy Raby poniżej Dobczyc zależą od ilości wody zrzucanej ze Jeziora Dobczyckiego, który pełni ważną funkcję retencyjną. Zbiornik powstał poprzez spiętrzenie wód Raby zaporą, rozciągającą się pomiędzy Górą Zamkową a Górą Jałowcową w Dobczycach. Celem jego budowy było zaopatrzenie Krakowa w wodę pitną, a także złagodzenie skutków powodzi w dolnym biegu rzeki. Budowę ziemno-betonowej zapory ukończono w 1987 r. Liczy ona 31 m wysokości i 617 m długości, przy szerokości korony 8,5 m. Utworzony w ten sposób zbiornik ma 10,25 km2 powierzchni i 127 mld m3 pojemności. Niestety, wskutek zastrzeżeń ochronnych, akwen jest niedostępny dla rekreacji. Częstym elementem krajobrazu w części pogórskiej są stawy, z których wiele zobaczymy w dolinie Sieprawki. Niegdyś hodowano w nich ryby, a dziś częściowo zarośnięte stanowią element wzbogacający krajobraz i różnorodność biologiczną. W Beskidach natomiast odnaleźć można niewielkie jeziorka w zagłębieniach osuwisk, w większości zarośnięte lub takie, w których woda gromadzi się tylko po deszczu.